日本农林水产省12月23日发布估算称，日美贸易协议生效将使日本国内农业生产最多减少约1100亿日元（100日元约合6.4元人民币）。        本次估算以33个品种为对象，预估了来自美国的廉价农产品流入令日本本国产品价格下跌的损失，估算牛肉生产减少额为237亿至474亿日元、奶酪等乳制品减少161亿至246亿日元、猪肉减少109亿至217亿日元、橙子等柑橘类减少19亿至39亿日元，预计整体减少额为603亿至1096亿日元。
      这与10月公布的暂定估算维持了相同水平。12月5日，为促进出口和加强农业基础，日本敲定了国内农业对策，但由于认为有关日美协定不影响生产额而未写入。日美贸易协议将于明年1月1日生效，日本将对价值大约70亿美元的美国农产品减免关税，涉及减免关税的产品有牛肉、猪肉、奶酪和葡萄酒等；日本对美出口方面，空调零部件、燃料电池和眼镜等关税将在协议生效后立即取消。 　   日美贸易协议生效后，日本市场上从美国进口的牛肉、猪肉等一些食品价格有望下降，但日本农户将因低价美国产品的流入而面临更加严酷的市场竞争。此外，美国并未取消日本汽车及相关零部件的关税，该协议被日在野党批评为“不平等协议”。 实际上，日美关于汽车和汽车零部件的关税减免还在磋商中，美国总统特朗普尚未就明年11月总统选举前与日本展开取消汽车关税谈判表态。 　　美国总统特朗普和日本首相安倍晋三今年9月25日在纽约联合国大会期间签署初步贸易协议，取消或降低一些农产品和工业产品的关税，但美日贸易谈判的焦点汽车关税并未囊括在协议中。